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打破“雙十”魔咒 助力產業(yè)變革

AI為藥物研發(fā)按下“快進鍵”

2025年01月16日09:03 來源:科技日報

不久前,國家衛(wèi)生健康委、國家中醫(yī)藥局、國家疾控局聯(lián)合發(fā)布《衛(wèi)生健康行業(yè)人工智能應用場景參考指引》,列出藥物研發(fā)等84種具體應用場景,為人工智能(AI)技術賦能藥物研發(fā)按下了“快進鍵”。

長期以來,在藥物研發(fā)行業(yè)存在一個著名的“雙十”魔咒,即新藥研發(fā)需要花費10年時間、10億美元。如何打破這一魔咒,AI被寄予厚望。在日前召開的學術會議上,中國科學院院士陳凱先表示,AI將為半導體行業(yè)帶來5550億美元的價值,而為制藥行業(yè)帶來的價值可達1.2萬億美元。

近年來,生成式AI在垂直產業(yè)持續(xù)發(fā)力。它給新藥創(chuàng)制帶來什么?記者了解到,一系列AI技術的應用和平臺建設正不斷提高藥物研發(fā)效率,人工智能技術或將引發(fā)醫(yī)藥產業(yè)的顛覆性變革。

提升研發(fā)效率

在藥物研發(fā)全鏈條發(fā)揮作用

2023年底,困擾業(yè)界60年的新抗生素發(fā)現(xiàn)難題被AI破題?!蹲匀弧冯s志刊文講述了科學家運用AI技術首次發(fā)現(xiàn)抗耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)的新抗生素的歷程。

以3.9萬種化合物對MRSA的抗菌活性數(shù)據作為訓練“腳本”,麻省理工學院研究團隊獲得了抗菌能力的評估預測模型。隨后以3個深度學習模型為基礎,團隊又“塑造”出化合物人類細胞毒性的“鑒定師”,對1200萬種化合物進行“篩選”,最終獲得能對抗MRSA又對人體安全的化合物。

這樣的實驗,僅靠人力幾乎難以完成。然而,AI憑借“硬核”實力,大大縮短了對每一個分子進行評價和驗證的時間。

以往,針對靶點設計藥物的成功率非常低。數(shù)據顯示,即便是《細胞》《自然》等權威期刊上報道過的原始靶點,其成藥幾率也小于10%。

靶點有了,為什么設計藥物還是難?以小分子化學藥物為例,依據“鑰匙開鎖”的原理,針對靶點設計化合物,化合物庫中的備選分子多達成百上千種,篩選耗時耗力。

“新藥研究實踐表明,要在老靶點上尋找更好的新藥越來越不容易?!标悇P先說,與此同時,新靶點發(fā)現(xiàn)難度也越來越大,需要新思路新技術“破局”。

而人工智能在新靶點的發(fā)現(xiàn)和預測方面能為人類提供前所未有的幫助。

陳凱先介紹,國外研究數(shù)據顯示,人工智能技術應用可以使藥物設計時間縮短70%、藥物設計成功率提升10倍。

“理論上AI可以對藥物研發(fā)的全鏈條發(fā)揮作用?!标悇P先告訴記者,在新藥研發(fā)的整個鏈條中,一個新靶點的發(fā)現(xiàn)往往會帶動一批新藥產生,推動臨床治療的突破。

“我國尤其需要抓住AI助力醫(yī)藥原創(chuàng)發(fā)展的機遇期?!标悇P先表示,相關數(shù)據顯示,過去十幾年,我國每年發(fā)現(xiàn)的潛在藥物靶標數(shù)量始終徘徊在6個以下,我國新藥研究仍以追趕、跟隨為主。

近年來,人工智能技術正成為發(fā)現(xiàn)新靶點的利器。例如,中國科學院上海藥物研究所鄭明月等研究團隊發(fā)展“臉譜識別”新算法,通過提取化學結構特征、基因變化特征、藥物活性特征來關聯(lián)比對查明新靶點。這一技術成功用于尋找抗腫瘤老藥甲氨蝶呤的免疫靶點。

AI在從文獻知識中發(fā)現(xiàn)新靶點方面也頗有優(yōu)勢。陳凱先表示,過往基礎和臨床研究積累了大量數(shù)據,這些發(fā)現(xiàn)“互不關聯(lián)”地分散存儲在研究文獻中,它們之間的潛在關聯(lián)難以被人類發(fā)現(xiàn)。人工智能具有強大、高效的學習分析能力,能夠將散布在大量文獻中的關聯(lián)關系挖掘出來,推動新機制、新靶點的識別。

“盡管我國現(xiàn)在還沒有AI輔助研發(fā)的新藥獲批上市,但已經有不少新藥在AI協(xié)助下快速進入臨床試驗階段?!标悇P先說。

降低研發(fā)成本

藥物試驗費用不再高昂

2024年年底,斯坦福大學等研究團隊在《細胞》雜志發(fā)文稱,多尺度、多模態(tài)的大型神經網絡模型已經具備表示和模擬分子、細胞和組織在不同狀態(tài)下行為的能力。在此基礎上,AI虛擬細胞有了高保真模擬、加速發(fā)現(xiàn)、指導研究的可信性。

此前,《美國國家科學院院刊》發(fā)文稱,研究者用硅基“病人”替代生命形式的碳基“病人”,模擬結果與真實數(shù)據高度一致。

研究中,1635個“活在電腦里”的“虛擬病人”,患上了乳腺癌且癌細胞已發(fā)生轉移。通過試驗,研究者找到了生物標志物指導乳腺癌臨床治療的優(yōu)化路徑。

基于體外、體內、臨床、人群水平和多組學等數(shù)據,研究者對患者的藥物反應進行“數(shù)字孿生”,生成“虛擬病人”豐富的藥效藥理數(shù)據,用于生物標記物、藥物等方面的測試。

“人類對生命活動的想象和思考,能夠以數(shù)據的方式傳遞給算力,這是實現(xiàn)虛擬生命或細胞的基礎。”北京大學未來技術學院副院長席建忠告訴科技日報記者,在半個世紀的發(fā)展歷程中,分子生物學通過不同層面的組學數(shù)據“解讀”生命,如基因組學、蛋白組學、轉錄組學等,積累了大量生命科學數(shù)據。

隨著技術融合發(fā)展,人類的數(shù)據獲取能力越來越強?!肮鈱W成像技術現(xiàn)在已達到納米級別,可以看到細胞中的細胞器動態(tài)‘錄像’?!毕ㄖ艺f,大量新數(shù)據、新研究衍生出成像組學等新學科。這些突破在深入解讀生命的同時,也成為數(shù)字生命的基礎。

事實上,我國科研團隊已在基礎設施、科研課題等方面早有布局。例如在北京懷柔,耗資數(shù)十億元的多模態(tài)跨尺度生物醫(yī)學成像設施已初具規(guī)模,細胞成像樓、醫(yī)學成像樓、全尺度整合中心等組成具有硬實力的科技“航母”,其中,全尺度數(shù)據處理中心將為相關研究提供強大算力支持。

“不同團隊正在開展一些關鍵器官數(shù)字化的工作。我們希望實現(xiàn)腫瘤細胞數(shù)字化?!毕ㄖ冶硎?,腫瘤具有高度異質性和動態(tài)性,人人不同、時時在變,有效的藥物篩選十分困難。

“虛擬腫瘤細胞能夠告訴我們,在某一藥物作用下,細胞內部信號通路如何變化。”席建忠說,要實現(xiàn)這樣的目標,需要基于現(xiàn)有數(shù)據和基礎模型進行腫瘤細胞“雛形”的構建,然后對其進行訓練。

“現(xiàn)實生活中,要進行藥物試驗。如果一位患者吃一種藥,幾千種藥至少需要幾千位患者來試驗。這樣一來,實施困難、成本高?!毕ㄖ艺f,虛擬細胞在一套模型中可以同時“吃”幾千種藥,獲得幾千套數(shù)據,實現(xiàn)高通量和高保真,將極大提升腫瘤藥物的篩選效率。

生成式人工智能最令研究者著迷的是它的“出其不意”。席建忠表示,在科學探索方面,AI能夠打破不同領域的邊界限制。例如,對心血管、傳染病的交叉研究,可能會發(fā)現(xiàn)抗病毒藥物具有降血壓潛力之類的“驚喜”。

縮短研發(fā)周期

啃下罕見病藥物研發(fā)“硬骨頭”

在藥物研發(fā)領域,罕見病藥物研發(fā)是塊難啃的“硬骨頭”。正因為如此,藥物審評審批為它專門開設了“孤兒藥”綠色通道。

4年到5年,這是當前罕見病診斷的平均耗費周期?;颊呱傩纬闪恕盁o米之炊”的困局——罕見病難以“被看見”,臨床試驗病例數(shù)少是罕見病藥物研發(fā)的難題之一。

現(xiàn)代醫(yī)學發(fā)展至今,為什么確診一個病還要耗時這么久?

“罕見病并不會帶著‘銘牌’而來。”華大基因AI專項負責人梁倫綱告訴記者,它會被當作一種常見病,如孩子發(fā)育明顯落后同齡人時,往往會問診營養(yǎng)科。

“罕見病診斷面臨癥狀、基因變異兩端都‘開放’的問題,而確診是要通過各種方法實現(xiàn)兩端‘收斂’,最終得到匹配的‘連線’?!绷簜惥V說,患者經過各種試錯仍無法找到病因后,才有可能被確診患有罕見病。如今當人工智能邁入生成式大模型階段,能夠回答各種開放式問題之后,罕見病診斷有望跳過“試錯”階段。

日前,北京協(xié)和醫(yī)院院長張抒揚在國家衛(wèi)生健康委醫(yī)藥領域科技創(chuàng)新發(fā)布會上介紹,首個罕見病人工智能大模型GeneT上線,協(xié)助基層醫(yī)生做罕見病的診療。

從回答“是”或“否”的判斷題,到能夠解答“這是什么,為什么”的復雜問答題,AI提升了罕見病的診斷能力。

“和其他應用領域一樣,AI先是快速掌握罕見病領域的專業(yè)知識?!绷簜惥V介紹,公開罕見病數(shù)據集和文獻,以及華大在檢測服務中的數(shù)據都會轉化為AI的“知識”。最重要的是,華大基因與北京協(xié)和醫(yī)院開展合作,及時應用罕見病臨床診療中的一線經驗,讓AI具備臨床“經驗”。

“我們不僅給AI輸入了罕見病的海量知識,還教會它如何像遺傳專家一樣思考?!绷簜惥V介紹,華大基因通過將專家的思考過程轉化為AI能理解的語言,讓新模型GeneT學會精準篩選導致罕見病的基因變異,效率提升20倍,且在模擬和真實病例中的準確率分別達到99%和98%。

梁倫綱表示,目前GeneT在完成初步分析后,最終確診還需要專家把關。

資料顯示,在人工智能大模型的助力下,罕見病患者的確診時間有望從數(shù)年縮短到4周以內,這使得絕大部分罕見病無特效藥的“冰山”開始松動。

數(shù)據顯示,我國2017—2022年期間的在研罕見病藥物數(shù)量大幅增加,年均增長率達34%。然而,《中國臨床藥學雜志》的一項研究顯示,約43.9%罕見病藥物臨床試驗實際入組人數(shù)小于目標入組人數(shù)。

在國家罕見病登記系統(tǒng)的支持下,罕見病臨床隊列相繼建立,以推動相關領域藥物研發(fā)?!斑@讓罕見病患者得到早診斷?!绷簜惥V表示,罕見病“被看見”,將緩解罕見病藥物研發(fā)臨床隊列稀缺的問題,為罕見病藥物研發(fā)提供有力支撐。

專家認為,未來3—5年,我國將進入AI藥物研發(fā)快速發(fā)展階段,人工智能技術將肩負起分子優(yōu)化、合成路線設計以及自動生成、自動分析、自動篩選的全流程研究工作。

“我們期待第一個AI設計研發(fā)的藥物能夠盡快獲批上市。成果轉化和落地應用仍舊是醫(yī)藥產業(yè)實現(xiàn)高質量發(fā)展的‘命門’?!毕ㄖ艺f。

【深瞳工作室出品】

采寫:本報記者 張佳星

策劃:劉 恕 李 坤

(責編:喬業(yè)瓊、楊迪)




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